NGS基因Panel:快速检测出对诊断、治疗有指导意义的基因

医疗器械 来源:微信公众号:同并相联(TBXL229) 作者:肖芳权


据GenomeWeb报道,在本周召开的美国临床化学协会(American Association for Clinical Chemistry, AACC)的会议上,与会专家表示,基因Panel(编者注:将若干基因对应的探针设计到同一张捕获芯片上以捕获目标DNA并用于后续的基因测序)可以帮助临床医生对癌症患者进行分型,并可帮助制定合理的治疗方案。

研究证实,越来越多的基因变异与各种形式的癌症有关联,也有越来越多的靶向药物被证实对某种类型的癌症有治疗效果。临床医生需要通过某种途径来鉴别肿瘤患者的突变位点是什么,哪些患者适合某种药物的靶向治疗。

耶鲁大学医学院的John Howe说,基因panel的目标是检测出对诊断、治疗有指导意义的基因 (原话是The goal of a gene panel test is to uncover actionable genes.)。

他还强调,对治疗有指导意义的基因突变(actionable gene mutation),既可以是美国食品药品监督管理局(FDA)批准的肿瘤治疗药物的作用靶点,也可以是正在进行肿瘤临床试验的药物靶点,这使得肿瘤患者能够参加临床试验。

在其中的一个讨论环节中,Howe和其他演讲者谈到,与其他的检测相比,基于二代测序(NGS)的基因panel检测可以在较短的周期内一次性检测多个基因,价格也相对合理。针对癌症的基因panel有很多种,一般在50至500个基因不等。

目前,包括Foundation Medicine, Genoptix, ARUP, Illumina, Thermo Fisher Ion Torrent和Qiagen在内的公司能够提供基因panel检测(编者注:国内提供基因panel检测的公司也非常多,比如华大基因)。但在医院内部开发基因panel可以使临床医生和实验人员专注于感兴趣的某些基因上,并可以做到快速迭代更新。

演讲者还说,他们开发的基于二代测序的基因panel检测,既可以针对血液样本,也可以针对实体瘤样本。

Howe已经基于Ion Torrent的PGM平台开发出一款检测急性髓细胞样白血病和骨髓增生异常综合征的基因panel。该panel包含25个基因,其中就有临床医生感兴趣且在其他的商业检测panel中未包含的基因。

Weill Cornell医学院的Helen Fernandes也开发了两款基因panel,一款是小panel,大约包含50个基因,针对实体瘤进行“泛癌症”(pan-cancer)检测;另一款是大panel,大约包含300个基因。小panel适用于检测肿瘤的热点突变,用于辅助诊断、指导后续治疗及评估预后。而大panel除此之外还可以用来做临床试验,可以提供更多的信息。

演讲者还说,基因panel检测出的突变通常处于几个大的类别中,往往不太明确。Fernandes在报告中指出,检测结果中的突变可分为三类,第一类是具有诊断、治疗或预后意义的突变;第二类是对应的癌症正处于研究阶段或临床试验阶段的突变;第三类是广义上与癌症有关的突变,比如TP53突变。

Howe则认为可以这么分类:对后续治疗有指导意义的基因突变(actionable mutation)、在其他肿瘤类型中发现的突变和临床意义未明突变。

这些基因panel已经帮助Fernandes对肿瘤患者进行精准分型,而且还可能帮助某些肿瘤患者参加到临床试验中。

Fernandes详细描述了她遇到的一个案例:一位77岁的女性患者有两个甲状腺结节。通过基因panel检测发现其中的一个甲状腺结节发生了乳头状癌变,检出一个BRAF V600E突变,而另一个甲状腺结节发生了卵泡状癌变,检出一个NRAS Q61R突变。她和同事通过Sanger测序验证了这两个突变。

Fernandes强调,在甲状腺癌中,携带BRAF突变的患者预后很差,而携带NRAS突变的患者预后相对较好。因此,通过基因panel检测就能为后续的治疗提供非常重要的参考,甲状腺癌切除手术出血多。

另外,她还遇到一名71岁的男性患者,临床症状为:腹痛、黄疸、体重偏轻、肝脏有肿块。利用基于二代测序的基因panel进行检测,发现了该肿瘤的一些突变,包括IDH1和R132H突变,以及TP53和KIT突变。而后面两个突变则在很多肿瘤都可见,而前面两个突变在神经胶质瘤中较常见。然而,通过搜索COSMIC和癌症基因组数据库,她发现前面这两个突变在肝癌中也很常见。后来,这个病人加入了一个针对IDH1突变进行靶向治疗的临床试验中,患者病情好转了。

Fernandes补充道,这就是二代基因测序技术在临床应用中的好例子。当然,这项技术的临床应用还存在诸多挑战,比如:如对突变位点进行解读、如何对临床应用进行监管、如何对检测费用进行报销等。

原文来源:GenomeWeb
原文标题:Sequencing-Based Gene Panels Help Diagnose,Guide Treatment, AACC Presenters Say

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